产2,3-丁二醇的酿酒酵母菌的筛选及其鉴定

王家旺1,2,邓利廷1,2,孙 健1,2,葛菁萍1,2*

(1.黑龙江大学 农业微生物技术教育部工程研究中心,黑龙江 哈尔滨 150500;2.黑龙江大学 生命科学学院微生物省高校重点实验室,黑龙江 哈尔滨 150080)

摘 要:酿酒酵母在自然界中广泛分布,尤其在发酵食品等领域应用广泛。2,3-丁二醇作为其利用葡萄糖发酵的产物之一,也有着极大地发展潜力。该研究利用肌酸显色法,对39株W系列菌株以及在六种不同地点分离出的菌株进行筛选,测定其乙偶姻产量,并结合形态学与分子生物学鉴定优选菌株。结果表明,菌株W141被鉴定为酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae),发酵72 h时,2,3-丁二醇脱氢酶酶活力最高为0.025 7 U/mg,2,3-丁二醇产量最大为1.6 g/L,可作为2,3-丁二醇的生产菌株。

关键词:酿酒酵母;2,3-丁二醇;筛选;鉴定

酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)是一种单细胞真菌,作为重要的生产用微生物,在医药、食品和生物能源等方面被广泛应用[1-2]。酿酒酵母具有易于培养、繁殖迅速、代谢产物少、碳源利用率高以及可存活于较低pH环境的特点[3-4];并且,酿酒酵母被认为是安全的微生物,遗传背景清晰,基因操作技术成熟,是一种模式微生物,便于进行基因改造[5]。2,3-丁二醇(2,3-butanediol,2,3-BD)作为一种平台化合物,被广泛应用于食品、医药以及航空航天等领域。目前,2,3-BD的生产方法主要有化学合成法和生物转化法两种[6]。前者生产成本高、工艺繁琐、不易操作以及对环境污染严重等缺点而很难得到广泛应用[7]。而生物转化法是利用微生物发酵来生产2,3-BD,其生产成本低、条件温和以及易于操作,同时符合低碳、环保和经济的发展目标,受到越来越多的关注[8]。因此,以酿酒酵母作为出发菌株生产2,3-BD具有一定优势。

酿酒酵母在以葡萄糖为底物产2,3-BD的过程中,丙酮酸通过乙酰乳酸合成酶合成a-乙酰乳酸,其在微氧条件下能够自发脱羧生成双乙酰,在双乙酰还原酶的作用下生成乙偶姻并通过BDH转化为2,3-BD[9-10]。因此,生成2,3-BD的主要酶为2,3-丁二醇脱氢酶(2,3-butanediol dehydrogenase,BDH),乙偶姻作为2,3-BD的前体物质,可直接转化产生2,3-BD。因此,可通过研究乙偶姻的产生情况,来筛选出具有2,3-BD产生能力的菌株。GONZALEZ E等[11]通过减少2,3-BD的产生,发现其增加了乙偶姻的积累。MOES J等[12]研究发现,改变溶氧水平可使乙偶姻与2,3-BD进行相互转化。LI L等[13]将阴沟肠杆菌的BDH基因表达在了大肠杆菌中,使2,3-BD的产量大幅提高。检测2,3-BD的方法主要有色谱法,虽然可较直接测定其含量,但对设备要求较高,费时费力[14]。而由于2,3-BD可直接由乙偶姻转化产生,两者之间有着密不可分的关系。因此,利用一种快速简单的方法去检测乙偶姻的含量,以达到筛选2,3-BD生产菌株的目的。

本研究将39株W系列菌株(W4、W22、W23、W25、W27、W39、W41、W55、W57、W58、W61、W63、W65、W66、W67、W68、W70、W74、W82、W87、W96、W108、W109、W117、W119、W120、W121、W124、W130、W132、W135、W139、W140、W141、W143、W144、W148以及W149)、土壤样品中分离出的5株菌株(Y1、C1、Y2、Z1和E1),以及酒糟中分离出的1株菌株(J1)作为候选菌株,进行可产2,3-BD菌株的筛选。并使用形态学和分子生物学手段对高产2,3-BD的菌株进行鉴定,之后摇瓶发酵培养进行菌株发酵性能(OD600nm、pH、葡萄糖剩余量以及2,3-BD产量)的检测。其研究结果为酿酒酵母(S.cerevisiae)菌株的利用提供了理论基础与指导,并有助于深入了解2,3-BD产生的作用机制。

1 材料与方法

1.1 材料与试剂

1.1.1 菌株与质粒

菌株W4、W22、W23、W25、W27、W39、W41、W55、W57、W58、W61、W63、W65、W66、W67、W68、W70、W74、W82、W87、W96、W108、W109、W117、W119、W120、W121、W124、W130、W132、W135、W139、W140、W141、W143、W144、W148以及W149等:黑龙江大学微生物重点实验室提供;菌株Y1分离于鱼塘、菌株C1分离于菜园、菌株Y2分离于玉米场、菌株Z1分离于猪舍、菌株E1分离于鹅棚、菌株J1分离于酒糟;大肠杆菌(Escherichia coli)DH5α:黑龙江大学微生物重点实验室提供;pMDTM18-T(产品号6011):大连宝生物有限公司。

1.1.2 化学试剂

蛋白胨、酵母提取物、琼脂粉、酵母基础氮源培养基(yeast nitrogen base,YNB)(均为生化试剂)、氯化钠、葡萄糖、(NH42SO4、KH2PO4、无水CaCl2、K2HPO4、MgSO4·7H2O、(NH42HPO4(均为分析纯):天津市科密欧化学试剂有限公司;质粒小提试剂盒(目录号DP103)、酵母基因组脱氧核糖核酸(deoxyribonucleic acid,DNA)提取试剂盒(目录号DP307-02)、普通琼脂糖凝胶DNA回收试剂盒(目录号DP209):天根生化科技有限公司;二喹啉甲酸(bicinchoninic acid,BCA)法蛋白含量测定试剂盒(目录号YW3-1):苏州科铭生物技术有限公司。

1.1.3 培养基

LB液体培养基:蛋白胨10 g/L,酵母提取物5 g/L,NaCl 10 g/L,pH 7.0。121 ℃高压灭菌15 min。

LB固体培养基:于LB液体培养基中加入2%的琼脂粉。121 ℃高压灭菌15 min。

酵母浸出粉胨葡萄糖(yeast extract peptone dextrose,YPD)液体培养基:蛋白胨20 g/L,酵母提取物10 g/L,葡萄糖20 g/L,pH值自然。108 ℃高压灭菌20 min。

YPD固体培养基:于YPD液体培养基中加入2%的琼脂粉。108 ℃高压灭菌20 min。

发酵培养基:葡萄糖80 g/L,无氨基酵母氮源(yeast nitrogen base without amino acids,YNB)3.4 g/L,蛋白胨20 g/L,K2HPO43 g/L,KH2PO411.8 g/L,(NH42SO410 g/L,pH值自然。108 ℃高压灭菌20 min。

1.2 仪器与设备

LC20A高效液相色谱(high performance liquid chromatography,HPLC)仪:岛津国际贸易(上海)有限公司;JY92-2D超声波细胞粉碎机:宁波新芝有限公司;Alphalmager HP凝胶成像系统:美国Protein Simple公司;A560紫外可见分光光度计:翱艺仪器(上海)有限公司;ABI9700聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)仪:美国Life Technologies公司;PB-21 pH计:赛多利斯科学仪器有限公司。

1.3 方法

1.3.1 肌酸显色法筛选2,3-丁二醇产生菌

在碱性介质中,乙偶姻与含胍基的化合物反应生成红色物质,并且在α-萘酚存在的情况下可以促进并加速红色物质生成,利用这一化学特性对菌株进行筛选,筛选出具有明显显色的菌株用于后续试验。由于该红色络合物在波长520 nm处有光吸收,其吸光度值与乙偶姻浓度成正比,依此对发酵液中的乙偶姻同时进行了定量检测[15-16]

乙偶姻标准曲线绘制:分别取质量浓度分别为0、0.1g/L、0.2 g/L、0.3 g/L、0.4 g/L的乙偶姻标准品溶液25 μL,加入5%α-萘酚1 mL,0.5%肌酸1 mL,10%NaOH 1 mL和ddH2O 7 mL,30 ℃、140 r/min培养30 min后在波长520 nm条件下测其吸光度值。

将活化至对数期的菌株,分别按5%的接种量接种到以80g/L葡萄糖为单碳源的发酵培养基中,装液量100mL/250mL,30 ℃、140 r/min发酵72 h。每隔12 h取样,按绘制标准曲线回归方程计算乙偶姻含量。

1.3.2 菌株的鉴定

根据《酵母菌分类学研究》第四版中的酵母菌鉴定标准方法,利用光学显微镜和体视镜进行观察,观察细胞的大小及形态、菌落质地、菌落颜色、菌落表面特征、菌落边缘和生殖特征等,进行形态学鉴定。

根据18S rDNA序列的保守性,采用真菌18S rDNA通用引物NS1(5'-GTAGTCATATGCTTGTCTC-3')和NS8(5'-TCCGCAGCTTCACCTACGGA-3')进行PCR扩增,PCR扩增体系:模板DNA 2μL,上下游引物(1 pmol/μL)各1 μL,Prime STAR Max Premix(2X)12.5 μL,ddH2O 8.5 μL。PCR扩增条件:94 ℃预变性5 min;98 ℃变性10 s,55 ℃退火10 s,72 ℃延伸60 s,共30个循环;72 ℃再延伸5 min。将利用琼脂糖凝胶回收试剂盒回收得到的PCR产物与pMDTM18-T载体连接,利用热激法转化至大肠杆菌(E.coli)DH5α感受态细胞中,并涂布于含有氨苄青霉素(终质量浓度为100 μg/mL)的LB平板上,挑取长势较好的白色单菌落进行菌落PCR鉴定(使用引物NS1和NS8),将验证正确的菌落接种至LB培养基中进行过夜培养,送至上海生工生物工程股份有限公司进行测序。将测序结果提交至美国国家生物信息中心(national center for biological information,NCBI)利用BLAST程序分析比对测序结果,寻找与目的序列相似性最高的已知分类地位的酵母菌,利用MEGA 6.0软件绘制系统发育树,判断种属分类地位。

1.3.3 菌株发酵性能探究

将活化至对数期的菌株,按5%的接种量和100mL/250mL的装液量,接种到底物质量浓度为80 g/L的发酵培养基中,30 ℃、140 r/min振荡培养72 h,每隔12 h取样一次,测定发酵液在波长600 nm条件下的吸光度值(OD600nm)和发酵液的pH值变化,用HPLC检测菌株底物消耗与产物生成情况,包括葡萄糖剩余量以及2,3-BD的产量。

1.3.4 BDH酶活检测

将活化至对数期的出发菌株按5%的接种量,接种到装液量为150mL/500 mL,底物质量浓度为80g/L的发酵培养基中,30 ℃、140 r/min振荡培养72 h,每隔12 h取样,13 000 r/min常温离心8 min收集菌体,加入1 mL pH 6.5磷酸盐缓冲液后再次离心弃上清,加入1.5 mL pH 6.5磷酸盐缓冲液,超声波破碎菌体(功率20%,超声3 s,间隔10 s,重复30次),4 ℃,8 000 r/min,离心10 min,收集上清并进行2,3-丁二醇脱氢酶(BDH)酶活测定[17]。2,3-丁二醇脱氢酶酶活定义:是指在最适条件下,在1 min内能转化1 μmol底物的酶量为1个酶活力单位(U/mg)。

2 结果与分析

2.1 肌酸显色法筛选2,3-丁二醇产生菌

从酿酒酵母代谢葡萄糖产2,3-BD的路径可以看出,乙偶姻是2,3-BD产生的最直接前体物质,菌株对乙偶姻的积累和转化间接反映出其生产2,3-BD的能力。因此,利用肌酸显色法对菌株进行筛选,W5、W25、W27、W39、W41、W58、W61、W87、W96、W108、W119、W135、W141、J1、Z1、Y2、C1和E1等18株菌株具有明显地显色效果。乙偶姻产量测定结果见图1。

图1 乙偶姻产量测定结果
Fig.1 Detection results of acetoin content

由图1可知,乙偶姻的积累量呈现先增高后降低再增高的趋势,并且大部分菌株在发酵12 h时出现第一个积累点,这可能是由于在发酵之初菌株大量利用葡萄糖促进自身生长繁殖,使得乙偶姻得以积累。24 h到60 h的乙偶姻积累量逐渐降低,但在72 h时升高。12 h和72 h这两个时间点也成为了影响2,3-BD产量的关键点[18]。菌株W141乙偶姻产量最大为0.225 g/L(12 h),其次是W96,产量为0.223 g/L(48 h)。因此,选择菌株W141进行下一步实验。

2.2 菌株的鉴定

2.2.1 形态学鉴定

取稀释适当倍数的菌株W141的菌悬液于光学显微镜下观察细胞形态(图2A),细胞呈卵圆形、5~7 μm左右、繁殖方式为出芽繁殖;在体视镜下观察菌落形态(图2B),菌落为乳白色、湿润、隆起、菌落整体黏稠、表面较光滑、容易挑起、质地较均匀、直径在0.5~0.6 cm、正反面与边缘以及中心部位的颜色都很均一。

图2 菌株W141菌落形态(A)和细胞形态(B)
Fig.2 Colony morphology (A) and cell morphology (B) of strain W141

2.2.2 分子生物学鉴定

18S rDNA序列系统进化树分为多个簇,每簇之上又分出若干亚簇,表明酵母之间的遗传多样性。以菌株DNA为模板,PCR扩增菌株的18SrDNA基因,得到碱基长度为1702bp,结果见图3。

图3 菌株W141基于18S rDNA序列系统进化树
Fig.3 Phylogenetic tree of strain W141 based on 18S rDNA sequences

由图3可知,在此进化树中,菌株W141处于进化树的上部亚簇中,与酿酒酵母(S.cerevisiae)strainFJU-YS5(EF153845.1)的亲缘关系最近,序列的相似度达到99%。结合形态学观察结果,菌株W141被鉴定为酿酒酵母(Saccharomycescerevisiae)。

2.3 菌株发酵性能探究

将菌株活化至对数期,按5%的接种量接种到装液量为100 mL/250 mL,葡萄糖质量浓度为80 g/L的发酵培养基中,30 ℃、140 r/min振荡培养72 h,每12 h取样一次,测定pH、OD600nm、葡萄糖剩余量以及2,3-BD产量,结果见图4。

图4 发酵过程中pH(A)、OD600nm值(B)、葡萄糖剩余量(C)和2,3-丁二醇产量(D)的变化
Fig.4 Changes of pH (A),OD600nmvalue (B),glucose content (C) and 2,3-butanediol production (D) during fermentation

由图4A可知,在发酵之初发酵液的pH值为5.59,但在发酵时间为12~24 h,由4.75逐渐下降至3.96,之后在4.00左右逐渐趋于稳定,由于在以葡萄糖为底物发酵产2,3-BD的过程中,也产生了乳酸以及乙酸等酸性物质,使得发酵液中的pH有所下降,但是在发酵后期,发酵液中菌体生长也开始稳定,所以pH也变化不大。

由图4B可知,OD600nm值在前24 h内迅速增加至1.4,这可能是由于在前24 h处于菌株生长的对数生长期,所以OD600nm值增加明显。而后增长的并不明显,到了60 h小幅上升至1.5。OD600nm值的总体变化情况是,随发酵时间的延长不断增加,在24 h时达到最大并保持大致稳定。

由图4C可知,对于添加的80 g/L葡萄糖,在前12 h内的葡萄糖含量迅速消耗至16 g/L,并在第24 小时被消耗掉,这可能是由于在发酵前期菌株生长速度较快,需要吸收大量的葡萄糖来维持自身的生长,而后期菌株生长速度较平稳,所以葡萄糖的利用速度也较慢。

由图4D可知,而对于2,3-BD的生成情况来说,在第36 小时开始逐渐产生2,3-BD,并逐渐增加至最大值1.6 g/L(72 h),并且在60h至72h内产生的最多。由于发酵葡萄糖生产2,3-BD的代谢较复杂,也会产生其他物质,所以转化成2,3-BD也需要逐步进行,所以一开始并没有产生2,3-BD。NG C Y等[19]对酿酒酵母中的adh基因进行敲除后,2,3-BD的产量达到2.29 g/L,本研究结果与其尚有一定差距。

2.4 BDH酶活检测

BDH活性随发酵时间的变化情况见表1。

表1 发酵过程中2,3-丁二醇脱氢酶活性的变化
Table 1 Change of 2,3-butanediol dehydrogenase activity during fermentation

由表1可知,在整个72 h的发酵期间内,酿酒酵母(S.cerevisiae)W141的BDH活力呈逐渐增大的趋势,并从第36 小时增加明显,并在第72小时达到最高值0.025 7 U/mg。由于生成2,3-BD的主要酶为BDH,因此,酿酒酵母(S.cerevisiae)W141具有较好的2,3-BD生产能力。结合相关文献[20]可知,如果要进一步地增加2,3-BD的产量,可以过表达bdh基因,从而使BDH酶活增加,以达到增加2,3-BD产量的目的。

3 结论

本研究通过显色方法对可产2,3-BD菌株的筛选,通过形态学鉴定以及分子生物学鉴定对高产2,3-BD菌株进行分析,最后进行发酵检测。结果表明,菌株W141被鉴定为酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae),其BDH酶活力高,并且有一定地2,3-BD产量,可作为2,3-BD的生产菌株。而在酒糟、猪舍、玉米场、菜园和鹅棚等地分离的菌株也有一定的产2,3-BD的潜能。本研究所得结果对进一步筛选高产2,3-BD的酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)菌株提供了技术支持,同时也扩大了该菌株的研究体系。

参考文献:

[1]SHI S,LIANG Y,ZHANG M M,et al.A highly efficient single-step,markerless strategy for multi-copy chromosomal integration of large biochemical pathways in Saccharomyces cerevisiae[J].Metab Eng,2016,33:19-27.

[2]GARG S K,JAIN A.Fermentative production of 2,3-butanediol:A review[J].Bioresource Technol,1995,51(3):103-109.

[3]KIM S J,SEO S O,JIN Y S,et al.Production of 2,3-butanediol by engineered Saccharomyces cerevisiae[J].Bioresource Technol,2013,146(10):274-281.

[4]YU B,SUN J,BOMMAREDDY R R,et al.Novel(2R,3R)-2,3-butanediol dehydrogenase from potential industrial strain Paenibacillus polymyxa ATCC 12321[J].Appl Environ Microb,2011,77(12):4230-4233.

[5]KIM J W,SEO S O,ZHANG G C,et al.Expression of Lactococcus lactis NADH oxidase increases 2,3-butanediol production in pdc-deficient Saccharomyces cerevisiae[J].Bioresource Technol,2015,191:512-519.

[6]LIAN J,CHAO R,ZHAO H.Metabolic engineering of a Saccharomyces cerevisiae strain capable of simultaneously utilizing glucose and galactose to produce enantiopure(2R,3R)-butanediol[J].Metab Eng,2014,23:92-99.

[7]SWINNEN S,KLEIN M,CARRILLO M,et al.Re-evaluation of glycerol utilization in Saccharomyces cerevisiae:characterization of an isolate that grows on glycerol without supporting supplements[J].Biotechnol Biofuels,2013,6(1):157-168.

[8]JI X J,HUANG H,OUYANG P K.Microbial 2,3-butanediol production:a state-of-the-art review[J].Biotechnol Adv,2011,29(3):351-364.

[9]NG C Y,JUNG M Y,LEE J,et al.Production of 2,3-butanediol in Saccharomyces cerevisiae by in silico aided metabolic engineering[J].Microb Cell Factor,2012,11(1):68.

[10]HAN S H,LEE J E,PARK K,et al.Production of 2,3-butanediol by a low-acid producing Klebsiella oxytoca NBRF4[J].New Biotechnol,2013,30(2):166-172.

[11]GONZALEZ E,ROSARIO FERNNDEZ M,MARCO D,et al.Role of Saccharomyces cerevisiae oxidoreductases Bdh1p and Ara1p in the metabolism of acetoin and 2,3-butanediol[J].Appl Environ Microb,2010,76(3):670-679.

[12]MOES J,GRIOT M,KELLER J,et al.A microbial culture with oxygensensitive product distribution as a potential tool for characterizing bioreactor oxygen transport[J].Biotechnol Bioeng,1985,27(4):482-489.

[13]LI L,WANG Y,ZHANG L,et al.Biocatalytic production of(2S,3S)-2,3-butanediol from diacetyl using whole cells of engineered Escherichia coli[J].Bioresource Technol,2012,115(4):111-116.

[14]JI X J,HUANG H,LI S,et al.Enhanced 2,3-butanediol production by altering the mixed acid fermentation pathway in Klebsiella oxytoca[J].Biotechnol Lett,2008,30(4):731-734.

[15]郭文逸,孙庆惠,宋丽娜,等.地衣芽孢杆菌高产2,3-丁二醇菌株的选育和发酵研究[J].生物技术通报,2014(8):159-163.

[16]任潇,纪晓俊,孙世闻,等.肌酸比色法快速测定发酵液中3-羟基丁酮的含量[J].食品科技,2009,34(8):260-263.

[17]李秀鹏,杨套伟,徐美娟,等.过量表达枯草芽孢杆菌乙偶姻还原酶提高2,3-丁二醇产量[J].食品与生物技术学报,2016,35(3):252-257.

[18]张彦青,贾士儒,张五九.响应面法优化酿酒酵母乙醛脱氢酶和乙醇脱氢酶酶活检测方法[J].中国酿造,2011,30(7):84-89.

[19]NG C Y,JUNG M Y,LEE J W,et al.Production of 2,3-butanediol in Saccharomyces cerevisiae by in silico aided metabolic engineering[J].Microb Cell Factor,2012,11(1):68-81.

[20]刘洋洋.酿酒酵母AS2.399 乙醛脱氢酶4 基因的克隆及酿酒酵母培养基的优化[D].武汉:华中农业大学,2012.

Screening and identification of 2,3-butanediol-producing Saccharomyces cerevisiae

WANG Jiawang1,2,DENG Liting1,2,SUN Jian1,2,GE Jingping1,2*
(1.Engineering Research Center of Agricultural Microbiology Technology,Ministry of Education,Heilongjiang University,Harbin 150500,China;2.Key Laboratory of Microbiology,Life Science College,Heilongjiang University,Harbin 150080,China)

Abstract:Saccharomyces cerevisiae is widely distributed in nature,especially in fermented foods and other fields.As a product of glucose fermentation,2,3-butanediol also has great potential for development.In this study,39 strains of W-series and 6 strains isolated at six different sites were screened by creatinine chromogenic method,the acetoin content was determined,and identified by morphological and molecular biological technique.The results showed that the strain W141 was identified as Saccharomyces cerevisiae.2,3-butanediol dehydrogenase activity of S.cerevisiae W141 was 0.025 7 U/mg,and the maximum yield of 2,3-butanediol was 1.6 g/L at 72 h of fermentation,which could be used as a production strain of 2,3-butanediol.

Key words:Saccharomyces cerevisiae;2,3-butanediol;screening;identification

中图分类号:TQ223.12

文章编号:0254-5071(2020)01-0021-05

doi:10.11882/j.issn.0254-5071.2020.01.005

引文格式:王家旺,邓利廷,孙健,等.产2,3-丁二醇的酿酒酵母菌的筛选及其鉴定[J].中国酿造,2020,39(1):21-25.

收稿日期:2019-07-05

修回日期:2019-09-08

基金项目:国家自然科学基金项目(31570492);黑龙江省教育厅重点项目(No.HDJCCX-2016Z05)

作者简介:王家旺(1995-),男,硕士研究生,研究方向为微生物资源挖掘与利用。

*通讯作者:葛菁萍(1972-),女,教授,博士,研究方向为微生物生态学及微生物遗传育种。