Loop结构引入半胱氨酸对木聚糖酶XynASP热稳定性的影响

陈康太,杨思文,刁梦月,王宵宵,郭 双,李恩中,李同彪*

(黄淮学院 生物与食品工程学院,河南 驻马店 463000)

摘 要:为了探究Loop结构引入半胱氨酸对GH11家族木聚糖酶热稳定性的影响,以溶糖曲霉(Aspergillus saccharolyticus)JOP 1030-1木聚糖酶XynASP Loop结构为研究对象,通过定点突变技术,将第95位点天冬酰胺(Asn)突变成半胱氨酸(Cys),获得突变体XynN95C,并在大肠杆菌(Escherichia coli)BL21(DE3)中诱导表达。酶学性质分析结果表明,突变体XynN95C最适温度为50 ℃,酶活性半衰期t1/240℃为38 min,相比野生型XynASP分别提高了5 ℃、18 min,最适pH从6.0降至5.0。另外,XynN95C的金属离子耐受性较强,经Fe3+处理1 h,相对酶活性为93.9%,较野生型(65.9%)明显提高。由此得出,在Loop结构引入半胱氨酸可有效提高木聚糖酶的热稳定性,这为GH11家族木聚糖酶的热稳定性改造又提供一新思路。

关键词:木聚糖酶;热稳定性;定点突变;半胱氨酸;Loop结构

木聚糖是植物半纤维素的一种主要组成成分,是除纤维素外自然界含量最丰富的多糖,降解后可产生低聚木糖及其他小分子物质应用于工业生产[1]。木聚糖结构复杂,主链以β-1,4-D糖苷键连接木糖而成,侧链主要由O-乙酰基、β-L-阿拉伯呋喃甲酰基、葡萄糖醛基、4-甲基葡糖醛基以及酚酸等构成[2]。木聚糖的完全降解需要多种酶如木聚糖酶、α-L-阿拉伯糖苷酶以及α-D葡糖苷酸酶等酶系相互协同作用[3]。其中,木聚糖酶可作用于木聚糖β-1,4-糖苷键,将其水解为木糖、木二糖、木三糖等其他低聚木糖,对木聚糖的解聚起着主要作用[4]。木聚糖酶也是一种重要的工业酶制剂,在纸浆漂白、食品和饲料加工等工业领域有着广阔的应用前景[5]。木聚糖酶往往需要在极端的环境下参与工业化生产进程,如高温、强酸强碱、高盐等环境,而大多数天然木聚糖酶在极端环境下稳定性较差,从而限制了木聚糖酶的使用范围[6]。热稳定性一直都是木聚糖酶工业化应用的一种限制性因素,如在饲料加工过程中,木聚糖酶作为饲料添加剂需要一个高温处理的过程[7]。自然界大多数木聚糖酶属于中温木聚糖酶,热稳定性较差,难以满足工业需求,为了解决这一问题,诸多研究者对木聚糖酶进行研究,以提高木聚糖酶热稳定性[8]。如刘回民等[9]对玉米半胱氨酸蛋白酶进行W308C突变,获得突变体W308C,该突变体在70 ℃保温120 min仍能保持15%左右的酶活性,而野生型在10%左右,催化活性也提高了86%。李同彪等[10]对来源于黑曲霉(Aspergillus niger)XZ-3S的木聚糖酶XynZF-2 N-端进行定点突变,得到突变体XynZF-2V1C,该突变体最适温度为50 ℃,比野生型提高了10 ℃,酶活性半衰期t1/245提高了10 min。蔡刘滕子等[11]对黑曲霉(Aspergillus niger)XZ-3S木聚糖酶XynZF-2进行定点突变,构建突变体XynCDH(V1C/G116D/N171H),该突变体比野生型XynZF-2最适温度提高了5 ℃,酶活性半衰期t1/240、t1/245分别提高了5 min和8 min。以上研究表明,定点突变引入半胱氨酸(Cysteine,Cys)对酶的酶学性质改变有较大的影响。

本研究利用快速定点突变技术,在溶糖曲霉(Aspergillus saccharolyticus)JOP1030-1木聚糖酶XynASP的Loop结构第95位点引入半胱氨酸(Cys),获得突变基因xynN95C,构建重组表达载体,在大肠杆菌(Escherichia coli)BL21(DE3)中异源表达,并进行酶学性质分析,旨在获得热稳定性有所改良的木聚糖酶突变体,探究Loop结构引入半胱氨酸对木聚糖酶热稳定性的影响。

1 材料与方法

1.1 材料与试剂

1.1.1 菌种与质粒

大肠杆菌(Escherichia coli)BL21(DE3)和大肠杆菌(Escherichia coli)DH5α:瑞士Novagen公司。

重组质粒pET-28a-xynASP:由Sangon公司合成,本实验室保存。

1.1.2 试剂

T4脱氧核糖核酸连接酶(T4 deoxyribonucleic acid ligase,T4 DNA Ligase)、限制性内切酶DpnⅠ、异丙基硫代半乳糖苷(isopropyl β-D-thiogalactoside,IPTG):日本TaKaRa公司;榉木木聚糖:德国Sigma公司;DNA Marker、DNA质粒提取试剂盒、Ni-NTA蛋白纯化试剂盒(NO.C600332)、酵母提取物、蛋白胨、胰蛋白胨、琼脂、甘油(均为生化试剂):生工生物工程(上海)有限公司;DNA片段回收试剂盒:北京鼎国昌盛生物技术公司。

1.1.3 培养基

LB液体培养基:酵母提取物5 g,蛋白胨10 g,氯化钠10 g,蒸馏水1 000 mL,pH 7.4。

LB固体培养基:LB液体培养基中添加20 g/L琼脂。TB培养基:胰蛋白胨14 g,酵母提取物27 g,甘油9 mL,蒸馏水1 000 mL。

以上培养基均于121 ℃灭菌20 min。

1.2 仪器与设备

T100梯度聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增仪:美国Bio-Rad公司;DYY-6C电泳仪:北京六一生物科技有限公司;XMTE-3102恒温摇床:江苏科析仪器有限公司;SIGMA 3-18K型冷冻高速离心机:北京金运创新科技发展有限公司;DSX-18L高压蒸汽灭菌锅:上海申安医疗器械厂。

1.3 方法

1.3.1 重组木聚糖酶XynASP同源建模及模型优化评估

将重组木聚糖酶的XynASP 氨基酸序列提交至SWISS-MODEL(https://swissmodel.expasy.org/),进行同源建模,并利用Discovery Studio进行模型优化。同时,利用Ramanchandran Plot评估二面角以及Profile-3D评估氨基酸匹配度。

1.3.2 定点突变

基于快速定点突变策略[12]设计定点突变引物(表1),以重组质粒pET-28a-xynASP为模板,利用单点突变引物进行重叠延伸聚合酶链式反应(gene splicing by overlap extension polymerase chain reaction,SOE PCR)法扩增[13],构建重组突变质粒pET-28a-xynN95C。再将重组质粒用化学法转入大肠杆菌DH5α,经卡那霉素(kalamycin,Kan)抗性筛选后,挑选出阳性单克隆子[14],送Sangon公司进行基因测序。

表1 引物序列
Table 1 Sequences of primer

注:下划线为突变位点。

1.3.3 重组木聚糖酶诱导表达及纯化

将测序正确的克隆子提取质粒,化学法转入大肠杆菌BL21(DE3),构建大肠杆菌基因工程菌[15],挑取单克隆子接种于2mL的LB液体培养基(含Kan终质量浓度为50μg/mL),37 ℃、180 r/min过夜培养[16],转接于TB培养基,37 ℃、180 r/min培养3 h,加入IPTG(终浓度为2 mmol/L),30 ℃、180 r/min诱导2 h。诱导结束后,6 000 r/min离心10 min,收集菌体,加入10 mL磷酸氢二钠-柠檬酸缓冲液重悬后,进行细胞破碎(细胞破碎条件:5 s,间隙时间:5 s,工作总时间:7 min,频率:10%),破碎后将细胞破碎液分装于2 mL离心管中离心(11 000 r/min、4 ℃、20 min),取上清液用作粗酶[17]

利用Ni-NTA蛋白纯化试剂盒对重组木聚糖酶进行纯化[18],纯化步骤参照试剂盒说明书。以10%分离胶和5%浓缩胶对纯化后的重组木聚糖酶进行十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰氨凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis,SDS-PAGE)检测分析[19]

1.3.4 重组木聚糖酶酶活性测定

采用3,5-二硝基水杨酸(3,5-dinitrosalicylic acid,DNS)法进行木聚糖酶活性测定[20],取1.5 mL 0.5%的榉木木聚糖和1 mL适当稀释的酶液在适当温度下反应15 min,加入2.5 mL DNS终止反应,水浴煮沸反应7 min;冷却后加5 mL双蒸水(ddH2O),振荡混匀,于波长540 nm处测定吸光度值。

木聚糖酶的活力单位定义:在上述测定活性条件下,每分钟水解木聚糖生成1 μmol木糖所需要的酶量,U。

1.3.5 酶学性质测定

重组木聚糖酶最适温度及热稳定性测定:采用DNS法,在35~60 ℃条件下测定野生型XynASP和突变体XynN95C酶活性,以最高酶活性为100%,计算各温度条件下酶的相对酶活性。将野生型XynASP和突变体XynN95C分别在35 ℃和40 ℃保温1 h,每隔10 min取样,在各自最适温度下测定残余酶活性,以未保温酶的酶活性为100%,计算不同保温时间下酶的残余酶活性。

重组木聚糖酶最适pH及pH稳定性测定:采用DNS法,在最适反应温度下,分别测定pH 3.0~8.0条件下野生型XynASP和突变体XynN95C酶活性,以最高酶活性为100%,计算各pH值条件下酶的相对酶活性。酶在不同pH条件下,35 ℃保温1 h后测定残余酶活性,以未保温酶的酶活性为100%,计算不同pH条件下酶的残余酶活性。

重组木聚糖酶金属离子及有机溶剂耐受性测定:野生型XynASP和突变体XynN95C金属离子及有机溶剂耐受性测定方法参照文献[21]。

2 结果与分析

2.1 重组木聚糖酶XynASP三维结构建立及突变位点确定

利用SWISS-MODEL(https://swissmodel.expasy.org/)对重组木聚糖酶XynASP进行同源建模。将建模结构提交至Discovery Studio进行优化,优化后模型见图1。

图1 木聚糖酶XynASP三维结构模型
Fig.1 Three-dimensional structure model of xylanase XynASP

图中棒状结构表示催化残基Glu110和Glu201。

由图1可知,XynASP空间结构主要由一个α-螺旋和两个反向平行的β-折叠片层构成,呈右手半握状结构,催化残基由谷氨酸(glutamic acid,Glu)110和谷氨酸(Glu)201组成,属于GH11家族木聚糖酶。XynASP的结构模型经Ramanchandran Plot评估得出该模型中95%氨基酸的二面角在允许的区域内,且有90%的氨基酸在最适区域内,经Profile-3D评估发现模型与自身氨基酸序列匹配度较高,匹配度得分为110.43,远高于期望值(87.06),并且发现模型中氨基酸相容性得分(verify score)均在“0线”以上,表明构建的XynASP模型的氨基酸空间构象合理(图2)。以上评估结果说明该建模结构的可信度高,可用于XynASP热稳定性分子理性设计的可靠结构。

图2 基于Ramanchandran Plot(a)、Profile-3D(b)XynASP模型评估结果
Fig.2 Evaluation results of XynASP model based on Ramanchandran Plot (a) and profile-3D (b)

利用DNAMAN6.0以及DS Client 2016对木聚糖酶XynASP氨基酸序列以及结构分析。同时,利用氨基酸结构相似性,将第95位点的天冬酰胺(asparagine,Asn)替换为半胱氨酸(Cys),构建突变体XynN95C。

2.2 快速定点突变和重组木聚糖酶表达及纯化

以重组质粒pET-28a-xynASP为模板,利用引物N95C-F和N95C-R进行PCR扩增突变质粒pET-28a-xynN95C,经限制性内切酶Dpn I消化模板,化学法转入大肠杆菌DH5α,经Kan抗性筛选后,挑取阳性单克隆送生工生物工程(上海)股份有限公司进行基因测序,测序结果见图3。

由图3可知,经过测序发现,原来第95位点的天冬酰胺密码子AAC突变成半胱氨酸密码子TGT,因此基因突变成功。将重组大肠杆菌工程菌BL21/pET-28a-xynASP和BL21/pET-28a-xynN95C分别进行蛋白诱导表达,经超声波破碎细胞获得粗酶液,并利用Ni-NTA蛋白纯化试剂盒获得纯化的重组木聚糖酶,对重组木聚糖酶粗酶液和纯化后的酶液进行SDS-PAGE电泳,结果见图4。

图3 突变质粒pET-28a-xynN95C测序结果
Fig.3 Sequencing results of mutated plasmid pET-28a-xynN95C

红色方框表示突变密码子。

图4 重组木聚糖酶XynASP和XynN95C的SDS-PAGE分析结果
Fig.4 SDS-PAGE analysis results of the recombinant xylanase XynASP and XynN95C

M表示蛋白质Marker,1表示突变体XynN95C的粗酶液;2表示野生型XynASP的粗酶液;3表示突变体XynN95C的纯酶液;4表示野生型XynASP的纯酶液。

由图4可知,野生型XynASP和突变体XynN95C的粗酶液和纯酶液均在27 kDa处有明显条带,且纯化后的蛋白样品纯度较高,达到了电泳纯,可满足酶学性质分析要求。

2.3 酶学性质比较与分析

2.3.1 温度对野生型XynASP与突变体XynN95C酶活性的影响

由图5可知,野生型XynASP最适温度为45 ℃,突变体XynN95C最适温度为50 ℃,相比野生型(45 ℃)提高了5 ℃。测定重组木聚糖酶热稳定性发现,在35 ℃保温60 min后,野生型XynASP和突变体XynN95C均保留较高的稳定性。突变体XynN95C的残余酶活性为91.2%,相比于野生型(87.5%)略有提高;40 ℃保温20 min后,野生型XynASP相对酶活性明显下降,仅保留了50.6%的残余酶活性,而突变体XynN95C残余酶活性仍高达77.56%;40 ℃保温40 min后,突变体XynN95C仍保留了54.6%的残余酶活性,而野生型残余酶活性下降到了41.0%。

图5 野生型XynASP和突变体XynN95C最适温度比较
Fig.5 Comparison of optimum temperature between the wild-type XynASP and mutant XynN95C

由图6可知,突变体XynN95C的半衰期t1/240为38 min,相比野生型提高了18 min。由此表明,突变体XynN95C热稳定性相比野生型XynASP明显提高。

图6 野生型XynASP和突变体XynN95C热稳定性比较
Fig.6 Comparison of thermal stability between the wild-type XynASP and mutant XynN95C

2.3.2 突变体XynN95C与野生型XynASP最适pH及pH稳定性比较

由图7可知,在pH值为3.0、4.0、5.0、6.0、7.0和8.0条件下,野生型XynASP的最适pH为6.0,突变体XynN95C的最适pH为5.0。相比野生型,突变体XynN95C的最适pH有所降低,更偏酸性。

图7 突变体XynN95C与野生型XynASP最适pH比较
Fig.7 Comparison of optimum pH between mutant XynN95C and wild-type XynASP

由图8可知,在pH 3.0~8.0条件范围内,野生型XynASP与突变体XynN95C残余酶活性均在40.0%~80.0%之间,突变体XynN95C对于酶的pH稳定性没有明显改善。

图8 突变体XynN95C与野生型XynASP pH稳定性比较
Fig.8 Comparison of pH stability between mutant XynN95C and wild type XynASP

2.3.3 突变体XynN95C与野生型XynASP金属离子和有机溶剂稳定性比较

由图9可知,在40 ℃条件下,将金属离子(K+、Na+、Fe2+、Cu2+、Ca2+、Zn2+、Mg2+、Fe3+)分别与野生型XynASP和突变体XynN95C保温1 h,测定重组木聚糖酶酶活性,以不加金属离子的重组木聚糖酶酶活性为100%,分析金属离子对野生型XynASP和突变体XynN95C酶活性影响,结果见图9。由图9可知,K+、Na+和Mg2+对野生型XynASP的酶活性有明显的激活作用,相对酶活性分别为112.1%、108.8%和120.9%,而Fe3+对野生型XynASP酶活性有明显抑制作用。其他金属离子对野生型XynASP的酶活性基本没有影响。突变体XynN95C酶活性受Cu2+的影响较大,表现出较大的抑制作用,相对酶活性为52.2%。值得关注的是,Fe3+处理后,突变体XynN95C相对酶活性高达93.9%,而野生型XynASP相对酶活性为65.9%。由此得出,突变体XynN95C对Fe3+有较高的耐受性。

图9 突变体XynN95C与野生型XynASP金属离子稳定性比较
Fig.9 Comparison of metal ions stability between mutant XynN95C
and wild-type XynASP

由图10可知,通过分析不同浓度的有机溶剂(甲醇、乙醇和异丙醇)对野生型XynASP和突变体XynN95C酶活性影响发现,随着甲醇、乙醇和异丙醇浓度的增加,野生型XynASP和突变体XynN95C对这三种有机溶剂的耐受性均有所下降,且突变体XynN95C下降的更为明显。

图10 突变体XynN95C与野生型XynASP有机溶剂稳定性比较
Fig.10 Comparison of organic solvent stability between mutant XynN95C and wild-type XynASP

2.3.4 重组木聚糖酶结构分析

以野生型XynASP三维结构为模板,对突变体XynN95C同源建模,并进行结构比对分析,结果见图11。

图11 野生型XynASP和突变体XynN95C结构比对
Fig.11 Structure alignment of wild-type XynASP and mutant XynN95C

图中蓝色cartoon表示野生型XynASP结构,绿色cartoon表示突变体XynN95C结构,黄色棒状表示野生型中残基Asn95,绿色棒状表示XynN95C中残基Cys95,红色箭头表示突变体
XynN95C结构偏移方向。

由图11可知,突变体XynN95C由于第95位点天冬酰胺(Asn)突变成半胱氨酸(Cys),使得第95位点附近结构向活性中心内发生一定的偏移,且第95位点结构由原来的Loop结构进一步演变成β-折叠,相比柔性较大的Loop结构更加稳定,因此,这就可能导致蛋白结构更加的稳定,从而改善了酶的热稳定性。

2.4 讨论

由于GH11家族木聚糖酶对木聚糖有较高的特异性,催化效率较高,专一性强,可以更多地应用于食品、纺织、饲料和制浆等工业,获得更多有价值的产品[22-23]。随着木聚糖酶工业应用环境的不断拓展,木聚糖酶性能的改善引起了研究者的重视,尤其是木聚糖酶热稳定性的改善。很多研究者通过定点突变技术对木聚糖酶进行热稳定性分子改造,获得可喜的成就,并为后续木聚糖酶热稳定性分子改造提供了方向,如陈亚文等[24]在黑曲霉(Aspergillus niger)XZ-3S木聚糖酶XynZF-2 N-端引入半胱氨酸,得到的突变体Xyn-E27C最适温度相比野生型提高了5 ℃,且半衰期t1/245℃增加了17 min,酶的热稳定性得到了很大提高。由此可见,在木聚糖酶N-端引入半胱氨酸对木聚糖酶的热稳定性有一定的影响[25]

3 结论

本研究以溶糖曲霉(Aspergillussaccharolyticus)JOP1030-1木聚糖酶XynASP为研究对象,在其Loop结构中引入半胱氨酸(Cys),进行N95C定点突变,获得突变体XynN95C,并在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达,通过酶学性质分析,突变体XynN95C最适温度相比野生型XynASP提高5 ℃,半衰期t1/240℃为38 min,相比野生型提高了18 min,热稳定性大大提高,且最适pH从6.0降至5.0。突变体XynN95C结构相比野生型发生一定的改变,第95位点结构由原来的Loop结构变成β-折叠,导致该部位更加的稳定,进而改善了XynASP的热稳定性。由此得出,在Loop结构引入半胱氨酸也可提高木聚糖酶的热稳定性,为GH11家族木聚糖酶的热稳定性改造提供又一思路。

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Effects of introducing cysteine into the Loop structure on the thermal stability of xylanase XynASP

CHEN Kangtai,YANG Siwen,DIAO Mengyue,WANG Xiaoxiao,GUO Shuang,LI Enzhong,LI Tongbiao*
(College of Biological and Food Engineering,Huanghuai University,Zhumadian 463000,China)

Abstract:In order to explore the effects of introducing cysteine into the Loop structure on the thermal stability of GH11 family xylanase,using the Loop structure of xylanase XynASP from Aspergillus saccharolyticus JOP 1030-1 as the research object,the mutant XynN95C was obtained by mutating asparagine(Asn)at site 95 to cysteine (Cys) by site-directed mutagenesis,and induced expression in Escherichia coli BL21(DE3).Enzymatic property analysis results showed that the optimum temperature of mutant XynN95C was 50 ℃,the half-life of the enzyme activity t1/240was 38 min,which was 5 ℃and 18 min higher than that of wild-type XynASP,and the optimum pH decreased from 6.0 to 5.0.In addition,the metal ion tolerance of XynN95C was stronger,the relative enzyme activity was 93.9%after treatment with Fe3+for 1 h,which was significantly higher than that of wild type(65.9%).In conclusion,the introduction of cysteine into Loop structure could effectively improve the thermal stability of xylanases,which provided a new idea for the thermal stability modification of GH11 family xylanases.

Key words:xylanase;thermostability;site-directed mutagenesis;cysteine;Loop structure

中图分类号:Q814

文章编号:0254-5071(2022)10-0106-07

doi:10.11882/j.issn.0254-5071.2022.10.018

引文格式:陈康太,杨思文,刁梦月,等.Loop结构引入半胱氨酸对木聚糖酶XynASP热稳定性的影响[J].中国酿造,2022,41(10):106-112.

收稿日期:2022-03-17

修回日期:2022-05-27

基金项目:河南省省级重大科技专项项目(191110110600);河南省重点研发与推广专项(科技攻关)项目(212102 110274;222102110372);河南省高等学校重点科研项目(22A180022);黄淮学院博士科研项目启动基金(12011947);黄淮学院国家级科研项目培育基金(XKPY-2021003)

作者简介:陈康太(2000-),女,本科生,研究方向为生物工程。

*通讯作者:李同彪(1990-),男,讲师,博士,研究方向为微生物发酵与酶工程。